Dentro de uma espécie, ecótipos são caracterizados como populações que apresentam diferenças genotípicas que proporcionam melhor adaptação aos diferentes habitats onde a espécie possa vir a ser encontrada. Estas divergências surgem por meio de seleção natural como consequência de pressões seletivas distintas entre as populações separadas (mas não totalmente isoladas) por eventos das mais diversas origens.

Apesar de apresentarem pequenas variações em seu genoma, os diferentes ecótipos são considerados de uma mesma espécie pois o fluxo gênico ainda ocorre e, caso ocorra intercruzamento entre as diferentes populações, as linhagens ainda serão viáveis.

O termo ecótipo foi proposto em 1922 pelo botânico evolucionista sueco Göte Turesson que o definiu como o produto (neste caso, as variações morfológicas) gerado pela resposta genotípica a um habitat específico. Turesson também cunhou o termo ecoespécies para se referir ao conjunto de todos os ecótipos de uma espécie. Um ecótipo, como tal, não tem definição taxonômica formal por se tratar de uma classificação ecológica e não filogenética.

A formação de ecótipos está mais associada a populações de indivíduos de vida séssil, como por exemplo plantas (a primeira descrição lidava com plantas do gênero Atriplex), algas fixas e esponjas. Isso se deve ao fato de que indivíduos sésseis sentem as pressões do ambiente de forma mais intensa do que seres capazes de se mover e para se manterem necessitam estar mais bem adaptados a aquele ambiente.

Existem diversas controvérsias em relação a validade da designação de um ecótipo. As diferentes definições dentro da taxonomia de espécies dificultam ainda mais a criação de um consenso nas definições e nomenclaturas. Por exemplo, termos como subespécie e ecótipo as vezes são usados intercambiavelmente. Há ainda designação de variação clinal e ecótipo, ambos definidos como adaptações relacionadas a variações geográficas.